Ковалевская была взята под стражу осенью 2007 года по обвинению в превышении должностных полномочий. Основанием для возбуждения уголовного дела стали результаты проверки, проведенной главным управлением Генпрокуратуры по Дальневосточному федеральному округу. В материалах проверки было сказано, что Приморский краевой филиал РФФИ, где Ковалевская работала начальником отдела приватизации, организовывал торги с нарушениями, незаконно занижал рыночную стоимость переданного на реализацию имущества.
Муж Ковалевской считает, что уголовное дело, представленное Приморскими правоохранительными органами как крупное коррупционное разоблачение, не что иное как попытка оспорить результаты торгов. Проданные РФФИ на аукционе объекты недвижимости заинтересовали связанного с прокуратурой предпринимателя Смолина, а так как опротестовать результаты торгов в гражданском порядке не получилось, арбитражный суд признал действия филиала при организации торгов законными, пришлось прибегнуть к "уголовному праву".
По словам Максима Ковалевского, на его жену в СИЗО постоянно оказывается давление: милицейские оперативники требуют, чтобы Евгения дала показания против своих бывших коллег. "Мне недавно сказали, что это удивительно — за такой срок в СИЗО Евгения еще не оклеветала ни себя, ни других", - говорит он. В изоляторе Ковалевскую постоянно переводят из камеры в камеру, помещают вместе с больными туберкулезом. Один из сотрудников УБОПа, говорит Максим Ковалевский, пригрозил Евгении, что она "заразится в тюрьме не только туберкулезом, но и СПИДом, если не станет сговорчивей", потому что "рычаги воздействия в тюрьме у него работают без сбоя". После того, как женщина пожаловалась в прокуратуру Владивостока, репрессии только усилились.
На судах по мере пресечения, как отмечает муж Евгении Ковалевской, в основу результативной части судебных решений ложатся исключительно доводы прокуратуры, когда как свидетельства защиты полностью игнорируются. "Удивляет то, что судьба Евгении больше интересует сотрудников Страсбургского суда, которые сразу заинтересовались этим делом", - говорит он.
